Základní škola prof. Z. Matějčka Olomouc, Svatoplukova 11 vznikla dne 1. září 2000 sloučením dvou samostatných právních subjektů – Zvláštní školy internátní a Pomocné školy Olomouc podle §6, odst. 1, písm. a, zákona č. 564 / 90 Sb. o státní správě a samosprávě ve školství jako příspěvková organizace. Dne 1. 7. 2006 došlo ke sloučení škol ZŠ prof. Z. Matějčka Olomouc, ZŠ Sokolská a ZŠ Bělidla v jeden subjekt s názvem, Základní škola prof. Z. Matějčka Olomouc, Svatoplukova 11. Od 1. 4. 2001 je zřizovatelem školy Krajský úřad Olomouckého Kraje.

Základní škola prof. Z. Matějčka sdružuje Základní školu praktickou s devíti ročníky povinné školní docházky, Základní školu speciální s deseti ročníky povinné školní docházky, Speciálně pedagogické centrum, Školní družinu a Internát. Od roku 2002 škola poskytuje vzdělávání pro klienty s autismem a poruchami autistického spektra jako krajské zařízení.